3 июля 2006 года, а аэропорт Южно-Сахалинска приземлился первый регулярный рейс авиакомпании Аэрофлот, выполненный по маршруту Москва (Шереметева) – Южно-Сахалинск (Хомутово). За 10 лет авиакомпания Аэрофлот увеличила количество выполняемых рейсов с 3 до 14 в неделю и выполнила более 6 500 рейсов, на которых перевезла более миллиона пассажиров и тысячи тонн грузов.
В 2015 году по инициативе генерального директора Аэрофлота Виталия Савельева была запущена программа плоских тарифов, которая будет действовать до 31 декабря 2016 года. По программе стоимость билетов эконом класса в одну сторону составляет 12 000 рублей, туда и обратно 20 000 рублей.
Из-за нехватки билетов в мае 2016 года, запущены дополнительные рейсы авиакомпании Россия (входящей в группу компаний Аэрофлот), выполняемые с аэропорта Внуково.
На сегодняшний день из-за реконструкции взлетно-посадочной полосы число рейсов сокращенно до 10 в неделю.